Tabula Murisによる病気の理解 - Chan Zuckerberg Biohubによるオープンソースデータベース

この新しいOpen Scienceの記事では、Tabula Murisと呼ばれるオープンソースデータベースと、その予防や治療法のための病気理解プロセスにどのように大きく貢献できるかを探りました。

しかしその前に、Priscilla Chanと彼女の夫であるMark ZuckerbergによるChan Zuckerbergイニシアチブについて簡単に紹介したいと思います。彼はすでにFacebookの創設者兼CEOとして知られています。

このイニシアチブは2015年12月1日に設立されました。その目的は、基礎生物医学研究による科学の支援と個別学習による教育です。 それは、450億ドルで誓約したFacebookの株式の99%の寄付をしています。

次のビデオでは、これまでの経緯について説明します。

「CZ Biohub」として商標登録されているChan Zuckerberg Biohubは、このイニシアチブの一部であり、別々に運営されています。 スタンフォード大学、チャン・ザッカーバーグ・バイオハブ、バージニア州パロアルト・ヘルスケア・システム、カリフォルニア大学の研究者らがチームを結成し、マウス細胞の包括的なオープンソースデータベースを作成し、それを「マウスアトラス」という意味です。

Biohubはこれらの単純な理想に従うことによって研究を行います:

  • 最良かつ最も明るい生物学者、科学者、エンジニア、技術者を見つけて支援することによって、大きな健康問題を解決するのを助けます。
  • 知的な自由とコラボレーションを強調する文化。
  • 彼らのチームに最高の科学的ツールを提供する。
  • 手元にない場合は、適切な科学的ツールを考案する。

この新しいオープンソースデータベースが、病気を理解する上でなぜそれほど重要なのでしょうか。

すべての予防策または治療法の背後には、病気を治療または処理するための病気の理解度があります。

このデータベースの内容を知る前に、マウスモデルとは何かを知ることが重要です。 遺伝的にもゲノム的にもヒトとマウスは非常に似ており、多くの疾患関連遺伝子はほぼ同一であるため、マウスモデルは非常に有用です。 あなたがマウスの病気の治療法を発見したのであれば、新しい道が開かれ、あなたが同じ方法で同じような人間の状態を治療することができる可能性が高いです。

したがって、Tabula Murisのようなオープンソースデータベースが、このマウスモデルの効果的な使用と強化に大きく貢献できる理由は明らかです。

DOI:10.1038 / s41586-018-0590-4

データベースは、研究データを共有するためのオープンプラットフォームであるFIGSHAREで利用可能な〜15 GBのオープンソースデータセットで構成されています。 コードと注釈はGitHubで利用できます。

この「マウスアトラス」は、モデル生物Mus musculus(マウスの学名)の単細胞トランスクリプトームデータで構成されており、20の臓器および組織から100, 000を超える細胞が含まれています。

Tabula Murisは、現段階では網羅的ではありませんが、多様な生理学分野にわたる将来の研究のための確固たる基盤を築きました。

病気と闘うためのマウスモデルに基づいた過去の研究の結論を簡単に調べれば、なぜデータベースがそれらのすべてを研究するのに非常に役立つのかを理解するのは簡単でしょう。

マウスモデルに基づく疾病の研究

アルツハイマー病

本稿では、前臨床試験ではいくつかのマウスモデルが使用されており、それらは新薬の試験とアルツハイマー病の病態生理学の解読の両方にとって価値のあるツールであるが、生成された結果をクリニック。

DOI:10.3233 / jad-170045

糖尿病

その最後の段落で、この論文は糖尿病と肥満に関連した腎臓病を理解し、そして新しい診断と治療戦略を開発するために効果的なマウスモデルについてのその議論を締めくくりました。 糖尿病、肥満および腎臓病はすべて相互に関連しています。

DOI:10.1371 / journal.pone.0162131

心不全

この論文の結論は、心不全の動物モデルの実験計画における比較的簡単な修正が、現在利用可能な技術を用いた臨床的進歩につながるかもしれない臨床的心不全症候群の複雑さの理解を深めることを可能にする可能性があることを強調する。

DOI:10.1242 / dmm.005017

この最後の論文は、BiohubのようなOpen Science Initiativeの重要性を示しています。 それは、腫瘍生物学者、病理学者および臨床医、ならびに組織工学および再生医療、システム生物学、バイオマテリアル、生物医学イメージング、薬理学、エンジニアリング、物理学、材料科学およびバイオインフォマティクスの専門家で構成される前臨床の改善のための力で構成されるマルチスキルチームについて話します。 Tabula Murisが作られた方法の背後にあるビジョンと非常によく似ています。

DOI:10.1016 / j.tibtech.2017.12.001

これらすべての結論を調べ、FIGHAREのデータベースを参照すると、学生や研究者がマウスモデルを改良する上で構築するための新しいプラットフォームとしての意義と関係があります。

概要

そこでこの記事では、Tabula Murisについて簡単に説明し、それをマウスモデルによって引き起こされる疾患に関する研究と関連付けることによってその重要性を理解しようとしました。

この「マウスアトラス」に関するご意見やご感想がありましたら、下のコメント欄で私たちと共有してください。

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