オープンソースアプローチが科学に与える影響

It's FOSS内のこの新しい科学カテゴリでは、革新的な科学の刺激的な世界に飛び込み、Linuxベースのオペレーティングシステムとオープンソースが、私たちの中で起こっている主要な科学的ブレークスルーにおいてどのように重要な役割を果たしているかを探ります。毎日の生活。

科学へのオープンソースアプローチの影響

画像ソース://www.sci-gaia.eu/osp-enab/

今後の記事では、この記事のタイトルに記載されている考えを探求するよう努めます。 とりあえず、以下の要点を調べてみましょう。

透明度

透明性は、引き受けられているどんなプロジェクトにおいても非常に価値があると考えられている習慣です。 意図された共有情報が配布されるプロセスがどの程度開かれているかがすべてです。 透明性は、組織やコミュニティ内で効果的な意思決定プロセスを構築する上で重要な役割を果たすため、実施されているあらゆる種類の行動を容易に認識できるようにします。 透明性の高い慣行の簡単な例としては、2人の個人またはチーム間の取引記録の完全なセットがあり、両方の当事者がいつでも参照できます。

透明性とオープンソースはまったく同じではありませんが、どちらも同じような考え方を共有しています。 オープンソースアプローチは、プロジェクトチーム内の透明性に常に良い影響をもたらします。 オリジナルのソースコードはパブリックドメインで利用可能であり、再利用することができるので、さまざまなグループやチーム間でさまざまなコラボレーションが生まれ、社会に役立つ可能性のある科学的問題の解決に向けて取り組むことが容易になります。 Linuxといえば、今日のソフトウェア実践の性質を考慮すると、科学研究では常にこれが最初の優先事項です。 研究者によるさまざまな観察に基づいて、Linuxが最初に好まれています、そしてそれは良いニュースです!

研究の質

質のない研究では、常に効果が低下するか、まったく効果がありません。 LinuxとFOSSが世界のどこで科学研究の質に大きな影響を与えるかは明らかです。 科学的分析を実行するために使用されているソフトウェアがオープンソースである場合、実験結果および誤差を理解することがより簡単でより容易になるので、上述の透明性への影響も同様に研究にもプラスの効果をもたらす。 ソフトウェアの問題の原因を特定するのに非常に役立ちます。 科学的な研究を当初の目的または別の目的で再利用する機能、つまり適用可能性は、オリジナルのソースコードが手元にある場合にのみ可能であり、必要な変更を加えて更新した後でデプロイまたはデバッグすることができます。

アイデアの流れ

この要点が示唆するように、科学的知識は含まれるべきではありません。 このようにしてオープンアクセスの概念が生まれました。 オープンソースはそのオープンモデルによって科学的知識の自由の精神を支えています。 プロプライエタリソフトウェアとは、クローズドソースを意味します。つまり、実際にどのように機能するのかを理解する上で透明性が欠如しています。 それが実際にコアからどのように機能するのかわからないときは、目標とする問題を必要な精度で効果的に解決することを妨げられていませんか? そもそもオープンソースであれば、そのようなモデルの複製や改良に費やされる時間は大幅に短縮されたでしょう。

最近の調査がScienceDirectによって公表されました。それは、長期的に見て、それがそのプロプライエタリなものと比較したとき、それが業界を支配するのがオープンソース部門であることを明らかにしました。 これは研究開発に対応する彼らの相互関係を研究して定式化することによってされました。

改善の範囲

オープンソースコードを注意深く研究することで、科学的プログラマーは改善の可能性、科学的な正確さと新機能の実装に不可欠な誤ったバグを書き留めることができます。 ユーザーがオープンソースコードのさまざまな断片内のどこにインテリジェントにそれらを実装するかを知っているので、すべての部分が明らかにアクセス可能であるので、新しい機能の導入はかなり容易になります。

資金の節約

どんな科学的研究でも、計画外の目的に向かって効果的に機能するのに十分な資金が必要です。 発明したり発見したりできるようにするには、ツールが必要です。 しかしソフトウェアツールに関しては、オープンソースモデルを採用することでコストがどのように削減されるかは明らかです。 サイエンスラボを構築しながら、高価なオペレーティングシステムを購入する必要はありません。 コンピュータはインシリコ分析を実行するため大きく依存しており、ありがたいことに我々はそれに取り組むために無料で利用可能な膨大な量のオープンソースの科学的オペレーティングシステムとソフトウェアを持っています。 プロプライエタリなソフトウェアを購入することに費やされる支出は、単にオープンソースソフトウェアを使うことによって実際に研究をするのに正当に使われることができました。

オープンソースジャーナル

科学雑誌は信頼できる情報と研究ニュースの源です。 興味深いことに、オープンソース情報を検索するためのソフトウェアジャーナルもあります。 そのうちの1つはJOSS、すなわちオープンソースソフトウェアのジャーナルであり、オープンソース研究ソフトウェアパッケージを閲覧するのに最適なリソースです。 ジャーナルは特に開発者にやさしいアプローチでデザインされています。 今後の記事で、このようなジャーナルについてもっと議論します。

オープンサイエンス

オープンサイエンスは、知ることや学ぶことに熱心な個人やグループの立場に関係なく、すべての科学的研究を誰もが利用できるようにするための革命となりつつある運動です。 これは、この記事の特集画像(Sci-GaIAによる)で非常に簡単な方法で説明されています。 Sci-GaIAは、アフリカでのe-インフラストラクチャの使用と開発を推進しています。 オープンサイエンスのアイデアは、1600年代までさかのぼります。 オープンサイエンスは、オープンアクセス、オープンデータ、オープンソース、そしてオープンスタンダードの4つのコアバリューに基づいています。 多くの国で本格的なオープンデータプロジェクトがあります。 これがフランス、インド、そしてアメリカです。 Sci-GaIAのWebサイトで、この美しいイラストとインタラクティブなオープンサイエンスページをチェックしてください。

以下はオープンサイエンスの法則です。

  • 第一法則:すべてのデータは公開されており、すべてのアイデアは共有されています
  • 第二法則:だれでもあらゆるレベルで参加できます
  • 第三法:特許は存在しない
  • 第四法:提案は批判の最良の形態です
  • 第五の法則:パブリックディスカッションはプライベートEメールよりはるかに価値があります
  • 第六法:オープンプロジェクトは、ある特定の研究室よりも大きく、所有されていない

上記の法律は、先見の明のある科学者であり研究者であるMatt Toddによって、Malariaに関するOpen Source Drug Discovery(OSDD - 次に説明する)に関する自身のブログ投稿で規定されました。 次のビデオでは最初の3つについて説明しています。

彼のチームは、世界中で何十億もの人々を危険にさらしている悪名高い病気と戦うために、マラリアに関するオープンソースの調査を始めました。 これはオープンソースマラリアプロジェクトと呼ばれ、主にマラリアとの闘いを目的とした関連情報のリソースです。 オープンソースがどのようにそしてなぜオープンアクセラレータが研究アクセラレータであるかを論じる包括的なオープンアクセスのNatureジャーナル出版物はここにあります!

オープンソース創薬(OSDD)

OSDDは、オープンソースアプローチで病気と闘うための新薬を発見するためのイニシアチブです。 DeepChemと呼ばれる創薬、材料科学、量子化学、生物学のためのディープラーニングに基づいたpythonライブラリの開発を始めたBharath Ramsundarは、なぜ創薬をオープンソースにすべきかについて注目すべき記事を書きました。 例としてDeepChemを使用して、彼は概念を明確に説明し、科学ソフトウェアがオープンソースであるときの影響がどれほど大きいかを強調しました。

科学に関する次の記事では、オープンソースの観点からそれらを再考することによって、さまざまな分野で出現しつつあるトレンドがどのように進化しているかを調べます。

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